PLATEFORME DE GÉNOMIQUE MICROBIENNE DES SYSTÈMES ALIMENTAIRES
Cette plateforme est assurée par le Laboratoire de génomique microbienne de l’Université Laval, situé au Pavillon des services de la FSAA. L'équipe de ce laboratoire a développé une expertise pour le suivi des microorganismes présents dans la matrice alimentaire, notamment le lait et le fromage, à partir de leur ADN ou ARN. En complément aux méthodes de microbiologie classique qui peuvent s’avérer fastidieuses, les techniques de biologie moléculaire permettent des analyses plus poussées de la structure, de la diversité et de la dynamique des communautés microbiennes. La plateforme permet de réaliser des analyses génomiques basées sur le séquençage de gènes à haut débit, de méthodes de profilage et de PCR quantitative.
Un aperçu des techniques et équipements disponibles :
Responsable : Dr Denis Roy
Isolement et mise en culture de microorganismes alimentaires nécessitant des conditions particulières - Chambre à atmosphère contrôlée anaérobie et niveau de confinement 2
Lyse mécanique de cellules lors de l’extraction - Appareils d’homogénéisation
Assurance qualité - Spectomètre, fluriomètre et bioanalyseur
Quantification d’ADN génomique ou d’ADN complémentaire - Appareils de PCR en temps réel
Quantification exclusivement des bactéries vivantes avec une membrane intacte avec potentiel de viabilité et potentiel de culture - Appareil d’activation (LED-Active Blue system) pour le traitement au Propidium monoazide (PMA)
Identification des microorganismes présents dans les systèmes alimentaires - Séquenceur ABI 3130XL utilisant la méthode de Sanger
Exploitation de quantités massives de données métagénomiques issues du séquençage - Bio-informatique et biostatistiques avec logiciels performants
L’isolement et la mise en culture des microorganismes associés aux systèmes alimentaires nécessitent souvent des conditions particulières. À cet effet, la plateforme possède une chambre à atmosphère contrôle anaérobie. De plus, certains microorganismes alimentaires peuvent provoquer les maladies chez l’homme ou les animaux. Le laboratoire offre un niveau de confinement 2 pour la manipulation de ces agents pathogènes.
Deux appareils d’homogénéisation sont disponibles pour la lyse mécanique des cellules lors de l’extraction. Avant que les échantillons d'ADN puissent être traités ultérieurement, ils peuvent être testés pour l'assurance qualité et quantifiés sur le spectrophotomètre NanoDrop (pureté) et le fluorimètre Qubit® 2.0 (concentration). Selon le type d'échantillon, l'intégrité de l'échantillon peut être testée en utilisant le bioanalyseur Agilent 2100 (ARN).
La plateforme inclut deux appareils de PCR en temps réel, soit le 7500 Fast Real-Time PCR System et le ViiA™ 7 Real-Time PCR System. Ceux-ci permettent la quantification d’ADN génomique ou d’ADN complémentaire grâce à la chimie SYBR Green ou TaqMan. Ces techniques permettent la quantification des microorganismes présents dans les matrices alimentaires ou l’évaluation de l’expression des gènes. Quantification des bactéries viables et cultivables avec appareil d’activation (LED-Active Blue system)
Un traitement de Propidium monoazide (PMA) peut être couplé à la PCR quantitative grâce à cet appareil d'activation (LED-Active Blue system).
Le séquenceur ABI 3130XL utilise la méthode de Sanger. Ainsi, le gène de l’ARNr 16S est amplifié et séquencé en partie ou en entier pour connaître l’espèce des isolats. Le typage permet de différencier les souches appartenant à une même espèce. Grâce au séquenceur disponible, il est possible de faire un typage par séquençage multilocus (MLST) ou encore par analyse de plusieurs locus VNTR (MLVA). Aussi disponible: l’analyse de régions intergéniques ribosomales automatisée multiplexe (MARISA).